Microbiote vaginal et FIV : Lactobacillus crispatus, dysbiose et implantation

À retenir

Des études associent un microbiote vaginal dominé par les lactobacilles à de meilleurs résultats de FIV, mais une association n'est pas une preuve. Un essai de 2025 a montré que traiter une flore vaginale anormale avant le transfert d'embryon n'améliorait ni les taux de grossesse ni ceux de naissance vivante. Des symptômes vaginaux ou une vaginose récidivante justifient néanmoins un bilan clinique habituel. Les tests commerciaux de profilage du microbiote vaginal ou endométrial ne sont pas recommandés, même après des échecs d'implantation répétés.

Sources clés : Recommandations de bonne pratique de l'ESHRE sur l'échec d'implantation répété · Recommandations du CDC sur les IST — Vaginose bactérienne · Haahr et al. 2025 — essai randomisé sur la clindamycine et LACTIN-V en FIV

Quand le microbiote vaginal entre en jeu dans la réflexion sur la FIV

Quand la FIV échoue plus d’une fois, on regarde souvent d’abord la qualité des embryons ou l’épaisseur de l’endomètre. Ces éléments comptent, mais ils n’expliquent pas tout, et c’est là qu’intervient la question du microbiote vaginal.

Des travaux ont observé des associations entre certains profils du microbiote vaginal et les résultats de FIV chez une partie des patientes. Ils ne montrent pas qu’un profil précis détermine directement la réussite ou l’échec de l’implantation : le microbiote n’est donc pas la clé cachée de chaque échec de FIV.

Ce qu’on entend habituellement par un microbiote vaginal sain

Chez de nombreuses femmes en âge de procréer, le microbiote vaginal est dominé par des lactobacilles. Ces bactéries contribuent à maintenir un pH vaginal acide et peuvent limiter la prolifération de micro-organismes associés à la dysbiose (un déséquilibre de la flore habituelle).

Parmi elles, Lactobacillus crispatus est souvent associé à un profil plus stable. À l’inverse, une communauté plus diversifiée de bactéries anaérobies, qui peut comprendre Gardnerella, Atopobium ou Prevotella, est fréquemment observée dans la dysbiose et la vaginose bactérienne. Un résultat de séquençage de l’ADN ne suffit toutefois pas à diagnostiquer une vaginose.

Pourquoi cela peut compter en FIV

L’embryon est transféré dans l’utérus, pas dans le vagin : l’effet éventuel du microbiote vaginal serait donc indirect.

Les chercheurs étudient l’inflammation locale, une possible remontée de bactéries vers l’utérus et les signaux immunitaires (Moreno & Simon, 2019). Ces pistes sont plausibles sur le plan biologique, mais ce sont des hypothèses : aucune n’est établie comme cause d’échec d’implantation.

Existe-t-il un microbiote utérin (endométrial) distinct ?

L’utérus n’est pas un simple prolongement du vagin. Les prélèvements endométriaux contiennent bien moins de bactéries. Dans une étude aux prélèvements soigneusement recueillis, ils montraient rarement la prédominance de lactobacilles observée dans le vagin (Reschini et al., 2022). Ces échantillons sont aussi facilement contaminés par des bactéries du vagin ou du col de l’utérus.

Un faible pourcentage de lactobacilles sur un prélèvement endométrial n’est pas, à lui seul, la preuve d’un problème. Dans une étude, les taux de grossesse étaient comparables, que l’échantillon soit jugé déséquilibré ou non. Certaines femmes ont obtenu une grossesse alors qu’aucun lactobacille n’était détecté dans l’échantillon (Hashimoto & Kyono, 2019).

On ignore encore quelles bactéries vivent réellement dans l’utérus, quels seuils peuvent être considérés comme normaux et si modifier cet environnement change les chances de naissance vivante.

Ce que montrent les données actuelles

Des études observationnelles (qui comparent des groupes sans tester de traitement) associent une prédominance de lactobacilles, notamment de L. crispatus, à des taux d’implantation ou de grossesse plus élevés. Une revue systématique récente (une étude qui regroupe des travaux antérieurs) retrouve cette tendance, y compris pour les naissances vivantes, tout en signalant la faible qualité des données et leur risque de biais (Samama et al., 2025).

Une association n’est pas une preuve. L’essai le plus direct à ce jour n’a pas montré de bénéfice : traiter une flore vaginale anormale avant le transfert d’embryon n’a augmenté ni les taux de grossesse ni ceux de naissance vivante (Haahr et al., 2025).

Tous les lactobacilles n’ont peut-être pas le même rôle, et les études divergent sur ceux qui comptent. Une revue de 2026 juge les données trop fragiles pour justifier l’usage des tests du microbiote dans la prise en charge (Shabana et al., 2026). Pour l’instant, le microbiote reste un marqueur de recherche plutôt qu’une cible thérapeutique.

Ces résultats ont leurs limites :

• les méthodes de test varient selon les études
• les définitions du microbiote « normal » et « anormal » ne sont pas encore pleinement standardisées
• une association n’équivaut pas à une causalité
• les données ne soutiennent ni un test de routine avant un premier cycle de traitement ou après un seul échec, ni un traitement fondé sur la seule absence de L. crispatus (Shabana et al., 2026)

Quel bilan envisager, et dans quelle situation ?

Des symptômes vaginaux doivent être évalués, mais le séquençage du microbiote ne fait pas automatiquement partie de ce bilan. Une odeur inhabituelle, une irritation, des pertes anormales ou une vaginose bactérienne récidivante peuvent justifier un interrogatoire, un examen et les tests diagnostiques habituels.

Un test commercial de profilage du microbiote est un examen différent. Les questions encore ouvertes sur le microbiote utérin expliquent en partie pourquoi les recommandations 2023 sur l’échec d’implantation répété de la Société européenne de reproduction humaine et d’embryologie (ESHRE) indiquent que le profilage du microbiote vaginal ou utérin n’est pas recommandé.

La suspicion d’endométrite chronique pose une question distincte. Un résultat de microbiote vaginal ne permet pas de diagnostiquer l’endométrite, et cette suspicion s’évalue séparément par les méthodes habituelles.

Comment préserver un microbiote vaginal dominé par les lactobacilles

Il n’existe pas de méthode standardisée pour « augmenter » un taux de lactobacilles. Les mesures pratiques sont plus simples :

1. éviter les douches vaginales, les solutions antiseptiques et les produits intravaginaux parfumés
2. ne pas introduire d’aliments comme le yaourt dans le vagin
3. faire évaluer les symptômes plutôt que de commencer seule un probiotique
4. arrêter le tabac si vous fumez
5. utiliser des antibiotiques ou des antifongiques uniquement en cas de signes d’infection ou d’une autre indication spécifique
6. ne pas prendre de probiotique en automédication pour préparer une FIV ; si vous en envisagez un, parlez à votre médecin du produit précis et de la raison de son utilisation, car aucun bénéfice sur les résultats de FIV n’est établi

Des études ont testé les lactobacilles intravaginaux et d’autres probiotiques pour la vaginose bactérienne. Les recommandations du CDC américain sur les infections sexuellement transmissibles (IST) concluent pourtant que, dans l’ensemble, aucune étude ne soutient ces produits comme traitement adjuvant ou de remplacement chez les femmes atteintes de vaginose bactérienne.

Un petit essai randomisé chez des femmes traitées pour une vaginose a montré que l’ajout de probiotiques oraux au métronidazole n’améliorait pas les taux de guérison. Ce n’était pas un essai sur la FIV : il ne permet donc pas de conclure à un bénéfice pour l’implantation ou les naissances vivantes (Qi et al., 2023).

Un essai randomisé contre placebo cherche actuellement à savoir si les probiotiques oraux peuvent modifier un profil vaginal pauvre en lactobacilles chez des patientes en FIV. Seul son protocole a été publié : il n’y a pas encore de résultats (van Haren et al., 2025).

L’approche du Dr. Aksoy

Les lactobacilles sont protecteurs dans le vagin, mais corriger un taux bas par des probiotiques n’a rien d’une simple supplémentation en vitamine. Une vaginose bactérienne active nécessite un antibiotique, pas un probiotique.

La cavité utérine est un milieu distinct, avec beaucoup moins de bactéries. Atteindre un pourcentage précis de lactobacilles endométriaux n’est pas un objectif standard en FIV. Je traite une pathologie diagnostiquée et la patiente qui est devant moi — pas un score commercial de microbiote.

Demander un avis

Si vous avez une vaginose bactérienne récidivante, des échecs d’implantation répétés ou un résultat de microbiote vaginal ou endométrial difficile à interpréter, un avis structuré peut aider à distinguer les symptômes qui nécessitent des tests habituels et les résultats qui ne modifieront peut-être pas la prise en charge.

Vous pouvez demander un avis confidentiel avant de décider de la suite à donner.

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Questions fréquentes posées au Dr. Aksoy

Si une vaginose bactérienne ou une mycose est détectée peu avant le transfert d’embryon, reportez-vous le transfert ?

Lorsqu’une infection vaginale est découverte juste avant le transfert, je décide selon le type d’infection, l’intensité des symptômes et le caractère réellement actif de cette infection. En cas de vaginose bactérienne avec des pertes malodorantes et une inflammation vaginale nette, je préfère la traiter d’abord et, si nécessaire, reporter brièvement le transfert.

En revanche, chez une patiente qui n’a aucune plainte, un simple déséquilibre bactérien sur un test ne signifie pas que nous devons reporter le transfert. Je raisonne de la même façon pour les mycoses. En cas de démangeaisons, de brûlures et de pertes abondantes, je donne le traitement adapté ; en général, je ne traite pas une colonisation à Candida sans symptômes.

Un report de quelques jours est possible, surtout pour un transfert d’embryon congelé, mais aucune preuve solide ne montre qu’il augmente les chances de grossesse chez toutes les patientes. Ce qui compte pour moi, c’est de ne pas passer à côté d’une infection active et cliniquement significative, sans prescrire d’antibiotiques inutiles ni reporter le transfert dans le seul but de corriger un résultat de laboratoire.

Si une patiente prend un probiotique oral ou vaginal pendant la FIV, lui demandez-vous d’arrêter ?

Je demande d’abord à mes patientes quel produit elles utilisent et dans quel but. Si le probiotique oral a une composition connue et qu’il est bien toléré, je ne demande pas de l’arrêter simplement parce que la FIV commence. Je ne dis pas non plus qu’il augmentera les chances d’implantation ou de naissance vivante.

Je suis plus prudent avec les probiotiques vaginaux. Surtout à l’approche du transfert, je préfère éviter les produits vaginaux sans nécessité médicale : ils peuvent irriter le vagin et je veux éviter les applications inutiles autour du transfert. L’utilisation d’une progestérone vaginale compte aussi dans cette décision.

Nous n’avons pas aujourd’hui de preuves assez solides que les probiotiques améliorent de façon fiable les résultats de la FIV. Je ne les recommande donc pas en routine, mais je ne dis pas non plus automatiquement à chaque patiente qui en prend qu’ils sont nocifs. L’essentiel est de ne pas les considérer comme un traitement prouvé de l’infertilité et de ne pas les utiliser à la place du traitement adapté en cas d’infection réelle.

Si un test du microbiote endométrial réalisé ailleurs montre peu de lactobacilles, que faites-vous ?

Quand un test du microbiote endométrial réalisé dans un autre centre montre un faible taux de lactobacilles, je ne commence ni antibiotique ni probiotique sur ce seul résultat. Ces tests ne sont pas encore assez standardisés pour guider nos décisions cliniques de façon fiable. La contamination du prélèvement utérin par des bactéries vaginales, les méthodes d’analyse utilisées et les variations possibles des résultats au cours du cycle menstruel sont de vrais problèmes. Un faible taux de lactobacilles ne signifie pas non plus forcément que l’embryon ne pourra pas s’implanter.

Je ne répète donc pas le test et je ne reporte pas le transfert dans le seul but de corriger ce compte rendu. Ce résultat ne permet pas non plus de diagnostiquer une endométrite chronique. En revanche, en cas d’échecs répétés de transfert, de saignements anormaux ou d’autres signes évoquant une endométrite chronique, je les évalue séparément par les méthodes habituelles.

J’insiste sur ce point auprès de mes patientes : qu’un test puisse montrer en détail les bactéries présentes dans l’utérus ne veut pas dire que nous pouvons utiliser cette information pour augmenter les chances de grossesse. À ce jour, il n’a pas été démontré que traiter sur la seule base d’un faible taux de lactobacilles augmente le taux de naissances vivantes.

Note sur les données : les recommandations du CDC sur la vaginose bactérienne prévoient un traitement pour les femmes qui ont des symptômes, et ses recommandations sur la candidose vulvovaginale précisent que la présence de Candida sans symptômes ni signes ne justifie pas de traitement. Dans un essai randomisé en double aveugle publié en 2025, mené chez 338 patientes en FIV ayant une flore vaginale anormale, la clindamycine, avec ou sans produit vaginal à base de L. crispatus, n’a pas augmenté le taux de grossesse clinique par rapport au placebo. L’ESHRE ne recommande pas le profilage du microbiote en cas d’échec d’implantation répété, le NICE britannique déconseille l’analyse du microbiote endométrial en complément du transfert d’embryon, et l’autorité britannique de la fertilité, la HFEA, classe ces tests en « gris » : les données de bonne qualité sont insuffisantes pour montrer qu’ils augmentent les chances d’avoir un enfant.

Autres questions sur le microbiote vaginal

Faut-il tester le microbiote vaginal chez toutes les patientes de FIV ?

Non. La Société européenne de reproduction humaine et d’embryologie (ESHRE) ne recommande pas le profilage du microbiote vaginal ou utérin, même après des échecs d’implantation répétés. Des symptômes ou une vaginose récidivante justifient un bilan clinique habituel, pas automatiquement un séquençage du microbiote.

Lactobacillus crispatus est-il toujours un « bon » signe ?

L. crispatus est généralement considéré comme favorable, car associé à un environnement vaginal plus stable et acide. Un résultat isolé doit être interprété en tenant compte des symptômes et des antécédents de fertilité.

Quel est le lien entre dysbiose et endométrite chronique ?

La dysbiose et l’endométrite chronique sont deux questions cliniques distinctes. Certains phénomènes inflammatoires et bactériens ont été étudiés dans les deux situations, mais un profil de microbiote vaginal ne prouve ni ne diagnostique une endométrite chronique. Une suspicion d’endométrite chronique s’évalue séparément par les méthodes habituelles.

Faut-il des antibiotiques avant chaque transfert d’embryon ?

Non. Les antibiotiques doivent être utilisés lorsqu’il existe des signes d’infection ou une autre indication spécifique. Un usage systématique, non ciblé, n’est pas une bonne stratégie.

Sources

• Moreno I, Simon C. Deciphering the effect of reproductive tract microbiota on human reproduction. Reprod Med Biol 2019;18(1):40-50.
• Zhao H, Wang C, Narsing Rao MP, et al. Effects of vaginal microbiota on in vitro fertilization outcomes in women with different infertility causes. Microbiol Spectr 2025;13(3):e01255-24.
• Samama M, Ueno J, Carvalho de Arruda Veiga E, et al. Vaginal microbiome and its relationship with assisted reproduction: a systematic review and meta-analysis. Life (Basel) 2025;15(9):1382.
• Reschini M, et al. Endometrial microbiome: sampling, assessment, and possible impact on embryo implantation. Sci Rep 2022;12:8467.
• Hashimoto T, Kyono K. Does dysbiotic endometrium affect blastocyst implantation in IVF patients?. J Assist Reprod Genet 2019;36(12):2471-2479.
• ESHRE Working Group on Recurrent Implantation Failure. ESHRE good practice recommendations on recurrent implantation failure. Hum Reprod Open 2023;2023(3):hoad023.
• CDC. Bacterial Vaginosis — STI Treatment Guidelines. Division of STD Prevention, 2021.
• Qi F, et al. Orally administrated Lactobacillus gasseri TM13 and Lactobacillus crispatus LG55 can restore the vaginal health of patients recovering from bacterial vaginosis. Front Immunol 2023;14:1125239.
• van Haren A, et al. ProVag: the effect of oral probiotics on the vaginal microbiota composition in women receiving medical assisted reproduction in a Dutch fertility clinic – protocol of a randomised, placebo-controlled, double-blind study. BMJ Open 2025;15(7):e096959.
• Haahr T, Freiesleben NC, Jensen MB, et al. Efficacy of clindamycin and LACTIN-V for in vitro fertilization patients with vaginal dysbiosis: a randomised double-blind, placebo-controlled multicentre trial. Nat Commun 2025;16(1):5166.
• Shabana H, Gudnadottir U, Hugerth LW, et al. Vaginal microbiome composition and medically assisted reproduction outcomes: a systematic review and network meta-analysis of 2289 women across three WHO regions. Hum Reprod Update 2026.
• CDC. Vulvovaginal Candidiasis — STI Treatment Guidelines. Division of STD Prevention, 2021.
• NICE. Fertility problems: assessment and treatment (NG257), recommendation 1.41.1. 2026.
• HFEA. Microbiome testing: treatment add-ons. 2026.

Dr. Senai Aksoy

Le Dr Aksoy s'est formé en France avant de rentrer en Turquie, où il a été membre de l'équipe ICSI de l'hôpital Sevgi à Ankara — premier centre ICSI du pays (1994-95) — et co-auteur des premières publications turques sur l'ICSI réalisées en collaboration avec l'équipe Van Steirteghem (Bruxelles, Human Reproduction 1996, PMID 8671323). Il a contribué à créer le programme FIV de l'Hôpital Américain d'Istanbul et dirige son propre centre de fertilité depuis 1998.

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