Microbiote vaginal et FIV : Lactobacillus crispatus, dysbiose et implantation
À retenir
Des études observationnelles associent un microbiote vaginal dominé par les lactobacilles à de meilleurs résultats de FIV, sans démontrer que modifier ce microbiote améliore l'implantation ou les naissances vivantes. Des symptômes vaginaux ou une vaginose récidivante justifient un bilan clinique standard ; le profilage commercial du microbiote vaginal ou endométrial n'est pas recommandé en routine, même après des échecs d'implantation répétés.
Sources clés : Recommandations de bonne pratique de l'ESHRE sur l'échec d'implantation répété Lignes directrices du CDC sur les IST — Vaginose bactérienne Reschini et al. 2022 — échantillonnage et évaluation du microbiome endométrial
Quand le microbiote vaginal entre dans la discussion de FIV
Quand une FIV échoue plus d’une fois, on regarde d’abord la qualité des embryons ou l’épaisseur de l’endomètre. Ces éléments comptent. Ils ne racontent pas toute l’histoire.
Des travaux ont observé des associations entre certains profils du microbiote vaginal et les résultats de FIV chez certaines patientes. Ils ne montrent pas qu’un profil précis provoque, à lui seul, l’implantation ou son échec. L’endométrite chronique est un diagnostic distinct ; un résultat de microbiote vaginal ne permet pas de la diagnostiquer.
Le microbiote n’est donc pas une réponse cachée à chaque échec. Des symptômes ou une vaginose bactérienne récidivante justifient un bilan clinique habituel. Un profilage commercial du microbiote est un examen différent, qui n’est pas recommandé en routine après un échec d’implantation.
Ce qu’on entend habituellement par un microbiote vaginal sain
Chez de nombreuses femmes en âge de procréer, le microbiote vaginal est dominé par des lactobacilles. Ces bactéries maintiennent un pH vaginal acide et peuvent limiter la prolifération d’organismes associés à la dysbiose.
Parmi elles, Lactobacillus crispatus est souvent associé à un profil plus stable. À l’inverse, une communauté plus diverse de bactéries anaérobies, parmi lesquelles Gardnerella, Atopobium ou Prevotella, est fréquemment observée dans la dysbiose et la vaginose bactérienne. Un résultat de séquençage ne suffit toutefois pas à diagnostiquer une vaginose.
Pourquoi cela peut compter en FIV
L’embryon est transféré dans l’utérus, pas dans le vagin. Le lien n’est donc pas évident au premier abord.
La question n’est pas un contact direct avec l’embryon. Les chercheurs étudient plutôt l’inflammation locale, une éventuelle ascension bactérienne et les signaux immunitaires.
Ces mécanismes restent des hypothèses. Ils n’établissent pas que la dysbiose vaginale est une cause d’échec d’implantation.
Ces liens sont biologiquement plausibles. Ils restent à l’étude. Les données sur le microbiote doivent éclairer le jugement clinique, pas le remplacer.
Existe-t-il un microbiote utérin (endométrial) distinct ?
L’utérus n’est pas un simple prolongement du vagin. Les prélèvements endométriaux montrent rarement la même dominance en lactobacilles. Un faible taux dans l’utérus ne prouve pas, à lui seul, que la muqueuse est « malsaine » ou impropre au transfert.
On suppose parfois que si les lactobacilles protègent le vagin, la même cible devrait s’appliquer dans l’utérus. Les données ne permettent pas de traiter les deux milieux comme un seul.
Dans une étude ayant prélevé du liquide endométrial via des cathéters de transfert, en parallèle de frottis vaginaux appariés, un profil dominé par les lactobacilles n’a été retrouvé dans l’endomètre que dans 8 % des cas. Les genres bactériens dominants ne coïncidaient entre vagin et endomètre que chez 8 % des femmes (Reschini et al., 2022).
La cavité utérine contient par ailleurs une charge bactérienne bien plus faible. Les échantillons endométriaux se contaminent facilement avec des bactéries vaginales ou cervicales lors du prélèvement. C’est l’une des raisons pour lesquelles les chercheurs privilégient aujourd’hui des cathéters à double lumière.
Un faible pourcentage de lactobacilles sur un prélèvement endométrial n’est pas, à lui seul, la preuve d’un problème.
Dans une cohorte de FIV testée en parallèle, les taux de grossesse étaient comparables entre endomètre dit « dysbiotique » et « eubiotique ». Certaines patientes sont devenues enceintes avec 0 % de lactobacilles détectés dans l’endomètre (Hashimoto & Kyono, 2019).
On ignore encore quelles bactéries vivent réellement dans l’utérus, quels seuils peuvent être considérés comme normaux et si modifier cet environnement change les chances de naissance vivante.
C’est en partie pour cette raison que le groupe de travail de l’ESHRE sur l’échec d’implantation répété déconseille actuellement le profilage systématique du microbiote vaginal ou endométrial (ESHRE, 2023).
Ce que montrent les données actuelles
Plusieurs études associent une dominance en lactobacilles — notamment une abondance élevée de L. crispatus — à des taux d’implantation ou de grossesse clinique plus élevés. Une revue systématique récente retrouve cette tendance, tout en signalant un risque de biais lié à la faible qualité des données (revue systématique et méta-analyse, 2025). Il s’agit donc d’un marqueur de recherche, pas d’une cible thérapeutique validée.
Les limites comptent autant que le signal :
- les méthodes de test varient selon les études
- les définitions du microbiote « normal » et « anormal » ne sont pas encore pleinement standardisées
- une association ne prouve pas toujours une causalité
- un dépistage systématique pour toutes les patientes de FIV n’est pas soutenu par un consensus fort
Le microbiote reste une piste utile. Il ne doit pas être présenté comme un raccourci, ni comme une solution garantie.
Quel bilan envisager, et dans quelle situation ?
Des symptômes vaginaux doivent être évalués, mais cela ne signifie pas qu’il faut réaliser un séquençage du microbiote.
Une odeur inhabituelle, une irritation, des pertes anormales ou une vaginose récidivante peuvent justifier un interrogatoire, un examen et les tests diagnostiques standards adaptés. La suspicion d’endométrite chronique relève d’une question distincte et, selon le contexte, de son propre bilan.
En cas d’échecs d’implantation répétés, l’ESHRE ne recommande pas actuellement le profilage systématique du microbiote vaginal ou utérin. Il n’est pas non plus indiqué avant une première FIV sans particularité.
Comment soutenir un microbiote vaginal dominé par les lactobacilles
Il n’existe pas de méthode standardisée pour « augmenter » un taux de lactobacilles comme on corrige un taux de vitamine. Les mesures pratiques sont plus simples : éviter les produits qui perturbent l’environnement vaginal et traiter correctement une infection diagnostiquée. Les probiotiques ne doivent pas servir de préparation à la FIV en automédication.
Il n’est pas nécessaire d’enchaîner probiotiques et antibiotiques pour « préparer » une FIV. Une approche plus sûre est en général plus simple :
- éviter les douches vaginales, les solutions antiseptiques et les produits intravaginaux parfumés
- consulter en cas d’odeur, d’irritation, de pertes inhabituelles ou de vaginose récidivante — plutôt que de commencer un probiotique seule
- arrêter le tabac si vous fumez
- n’utiliser antibiotiques et antifongiques que lorsqu’un diagnostic le justifie
- si vous envisagez un probiotique, discuter avec votre médecin du produit précis et de la raison de son utilisation ; aucun bénéfice sur les résultats de FIV n’est établi
- ne pas appliquer d’aliments comme le yaourt directement dans le vagin
La meilleure intervention dépend du problème réel : symptômes, infection récidivante, endométrite suspectée ou échecs répétés de FIV.
La place des probiotiques reste débattue. Les recommandations du CDC sur les IST concluent que, malgré plusieurs études sur les lactobacilles intra-vaginaux et d’autres formulations pour la vaginose bactérienne, « aucune étude ne soutient ces produits comme traitement adjuvant ou de remplacement chez les femmes atteintes de vaginose bactérienne » (CDC, 2021).
Un essai randomisé mené chez des femmes en convalescence après une vaginose a observé des modifications de la santé vaginale lorsque des probiotiques oraux étaient ajoutés au traitement antibiotique. Ce n’était pas un essai sur les résultats de FIV, et les femmes enceintes ou prévoyant une grossesse en étaient exclues. Il ne permet donc pas de conclure à un bénéfice sur l’implantation ou les naissances vivantes (Qi et al., 2023).
La capacité des probiotiques oraux à modifier un profil vaginal pauvre en lactobacilles chez des patientes de FIV est étudiée dans un essai randomisé contre placebo. La publication citée décrit le protocole ; elle ne présente pas de résultats (van Haren et al., 2025).
Le regard clinique du Dr Aksoy
Les lactobacilles font partie des bactéries protectrices naturelles du vagin. Je demande pourtant à mes patientes de ne pas les voir comme un taux de vitamine. Une vaginose bactérienne active nécessite un antibiotique, pas un probiotique.
La cavité utérine est un milieu distinct, avec beaucoup moins de bactéries. Atteindre un pourcentage précis de lactobacilles endométriaux n’est pas un objectif standard en FIV. Je traite une pathologie diagnostiquée et la patiente qui est devant moi — pas un score commercial de microbiote.
Demander une revue de dossier
Si vous avez une vaginose bactérienne récidivante, des échecs d’implantation répétés, ou un résultat de microbiote vaginal ou endométrial difficile à interpréter, une revue structurée peut distinguer les symptômes qui nécessitent des tests standards des résultats qui ne modifieront peut-être pas la prise en charge.
Vous pouvez demander une revue de dossier confidentielle avant de décider des prochaines étapes.
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FAQ
Faut-il tester le microbiote vaginal chez toutes les patientes de FIV ?
Non. L’ESHRE ne recommande pas le profilage systématique du microbiote vaginal ou utérin, même après des échecs d’implantation répétés. Une odeur, une irritation, des pertes inhabituelles ou une vaginose récidivante justifient un bilan clinique standard, pas automatiquement un séquençage du microbiote.
Lactobacillus crispatus est-il toujours un « bon » signe ?
Il est généralement considéré comme favorable, car associé à un environnement vaginal plus stable et acide. Un résultat isolé doit toujours être lu avec les symptômes et l’historique de fertilité.
Les probiotiques peuvent-ils améliorer le succès de la FIV ?
Nous ne savons pas encore s’ils améliorent l’implantation ou les naissances vivantes. Ils ne doivent pas remplacer le diagnostic et le traitement ciblé d’une infection suspectée.
Quel est le lien entre dysbiose et endométrite chronique ?
Ce sont deux questions cliniques distinctes. Certains phénomènes inflammatoires et bactériens ont été étudiés dans les deux situations, mais un profil de microbiote vaginal ne prouve ni ne diagnostique une endométrite chronique. Une suspicion d’endométrite chronique nécessite son propre bilan.
Faut-il des antibiotiques avant chaque transfert d’embryon ?
Non. Les antibiotiques doivent être utilisés lorsqu’il existe une preuve d’infection ou une autre indication spécifique. Un usage systématique, non ciblé, n’est pas une bonne stratégie.
Sources
- Moreno I, Simon C. Deciphering the effect of reproductive tract microbiota on human reproduction.
- McQueen DB, Bernardi LA, Stephenson MD. Chronic endometritis in women with recurrent pregnancy loss and recurrent implantation failure.
- Zhao H, Wang C, Narsing Rao MP, et al. Effects of vaginal microbiota on in vitro fertilization outcomes in women with different infertility causes. Microbiol Spectr 2025;13:e01255-24.
- Samama M, Ueno J, Carvalho de Arruda Veiga E, et al. Vaginal microbiome and its relationship with assisted reproduction: a systematic review and meta-analysis. Life (Basel) 2025;15(9):1382.
- Reschini M, et al. Endometrial microbiome: sampling, assessment, and possible impact on embryo implantation. Sci Rep 2022;12:8467.
- Hashimoto T, Kyono K. Does dysbiotic endometrium affect blastocyst implantation in IVF patients? J Assist Reprod Genet 2019;36(12):2471-2479.
- ESHRE Working Group on Recurrent Implantation Failure. ESHRE good practice recommendations on recurrent implantation failure. Hum Reprod Open 2023.
- CDC. Bacterial Vaginosis — STI Treatment Guidelines. Division of STD Prevention, 2021.
- Qi F, et al. Orally administered probiotics can restore the vaginal health of patients recovering from bacterial vaginosis. Front Immunol 2023;14:1125239.
- van Haren A, et al. ProVag: the effect of oral probiotics on the vaginal microbiota composition in women receiving medically assisted reproduction. BMJ Open 2025;15(7):e096959.
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