Microbiote vaginal et FIV : Lactobacillus crispatus, dysbiose et implantation
À retenir
Un microbiote vaginal dominé par les lactobacilles peut favoriser l'implantation, tandis qu'une dysbiose est parfois associée à une inflammation, à un échec d'implantation ou à une endométrite chronique. Les données sont prometteuses mais encore évolutives : ce n'est pas un raccourci magique vers la grossesse. En cas de symptômes, de vaginose bactérienne récidivante ou d'échecs répétés de FIV, un dépistage ciblé et un traitement adapté ont plus de sens qu'une prise de probiotiques en auto-médication.
Sources clés : Recommandations de bonne pratique de l'ESHRE sur l'échec d'implantation répété Lignes directrices du CDC sur les IST — Vaginose bactérienne Reschini et al. 2022 — échantillonnage et évaluation du microbiome endométrial
Microbiote vaginal et FIV
Quand une FIV échoue plus d’une fois, on regarde d’abord la qualité des embryons ou l’épaisseur de l’endomètre. Ces éléments comptent, mais ils ne racontent pas toute l’histoire. Les recherches actuelles suggèrent que le microbiote vaginal pourrait aussi influencer l’inflammation, l’implantation et le risque d’endométrite chronique chez certaines patientes.
Cela ne fait pas du microbiote une réponse magique à chaque échec. Mais dans des situations précises — symptômes présents, vaginose bactérienne récidivante, échecs d’implantation répétés — l’environnement vaginal peut mériter un regard plus attentif.
Sur cette page
- Ce qu’on entend habituellement par un microbiote vaginal sain
- Pourquoi cela peut compter en FIV
- Existe-t-il un microbiote utérin (endométrial) distinct ?
- Ce que montrent les données actuelles
- Qui peut bénéficier d’une évaluation ?
- Comment soutenir un microbiote vaginal dominé par les lactobacilles
Ce qu’on entend habituellement par un microbiote vaginal sain
Réponse courte : un microbiote vaginal dominé par les lactobacilles, en particulier riche en Lactobacillus crispatus, est généralement considéré comme le profil le plus protecteur et le plus stable, tandis qu’une dominance de bactéries anaérobies oriente plutôt vers une vaginose bactérienne et un environnement reproductif moins favorable.
Chez de nombreuses femmes en âge de procréer, le microbiote vaginal est dominé par des espèces de lactobacilles. Ces bactéries contribuent à maintenir un pH vaginal acide et peuvent limiter la prolifération d’organismes associés à la dysbiose.
Parmi elles, Lactobacillus crispatus est souvent associé à un profil microbien plus stable et plus protecteur. À l’inverse, un microbiote dominé par des bactéries anaérobies comme Gardnerella, Atopobium ou Prevotella est plus souvent lié à une vaginose bactérienne, à une inflammation locale et à un environnement reproductif moins favorable.
Pourquoi cela peut compter en FIV
Réponse courte : l’embryon est transféré dans l’utérus, pas dans le vagin, mais la dysbiose vaginale semble compter surtout par l’inflammation, une éventuelle ascension bactérienne et une modification des signaux immunitaires — pas par un contact physique direct avec l’embryon.
L’embryon est transféré dans la cavité utérine, pas dans le vagin, ce qui rend le lien moins évident au premier abord. La préoccupation ne porte pas sur le transfert lui-même, mais sur l’environnement inflammatoire qui peut l’accompagner.
Les mécanismes envisagés incluent :
- une inflammation locale accrue en cas de dysbiose vaginale
- une ascension bactérienne à travers le col chez certaines patientes
- une modification des signaux immunitaires pouvant affecter la réceptivité de l’endomètre
- une association avec l’endométrite chronique chez les patientes ayant des échecs répétés
Ces liens sont biologiquement plausibles, mais encore à l’étude. C’est pourquoi les données sur le microbiote doivent éclairer le jugement clinique, pas le remplacer.
Existe-t-il un microbiote utérin (endométrial) distinct ?
Réponse courte : l’utérus n’est pas un simple prolongement du vagin — les échantillons endométriaux montrent rarement la même dominance en lactobacilles, et un faible taux de lactobacilles dans l’utérus ne prouve pas, en soi, que la muqueuse est « malsaine » ou impropre au transfert.
On suppose parfois que si la dominance en lactobacilles est protectrice dans le vagin, la même cible devrait s’appliquer dans l’utérus. Les données ne permettent pas de traiter les deux environnements comme un seul.
Dans une étude ayant utilisé des cathéters de transfert d’embryons pour prélever du liquide endométrial en parallèle de frottis vaginaux appariés chez les mêmes femmes, un profil dominé par les lactobacilles n’a été retrouvé dans l’endomètre que dans 8 % des cas, et les genres bactériens dominants ne coïncidaient entre les échantillons vaginaux et endométriaux que chez 8 % des femmes (Reschini et al., 2022).
La cavité utérine contient par ailleurs une charge bactérienne globalement bien plus faible, et les échantillons endométriaux sont facilement contaminés par des bactéries vaginales ou cervicales lors du prélèvement — une des raisons pour lesquelles les chercheurs privilégient aujourd’hui des cathéters à double lumière pour l’échantillonnage.
Un faible pourcentage de lactobacilles dans un prélèvement endométrial n’est pas, à lui seul, la preuve d’un problème.
Dans une cohorte de patientes de FIV ayant bénéficié d’un test du microbiote endométrial en parallèle, les taux de grossesse étaient comparables entre les femmes avec un endomètre « dysbiotique » et celles avec un endomètre « eubiotique », et certaines patientes sont devenues enceintes avec 0 % de lactobacilles détectés dans l’endomètre (Hashimoto & Kyono, 2019).
Quelles bactéries vivent réellement dans l’utérus, quels seuils devraient être considérés comme normaux, et si modifier cet environnement change réellement les taux de naissance vivante restent des questions ouvertes.
C’est en partie pour cette raison que le groupe de travail de l’ESHRE sur l’échec d’implantation répété déconseille actuellement le profilage systématique du microbiote vaginal ou endométrial (ESHRE, 2023).
Ce que montrent les données actuelles
Réponse courte : la dominance en lactobacilles, en particulier avec L. crispatus, est associée à de meilleurs résultats d’implantation et de grossesse dans plusieurs études, mais les méthodes de test et les seuils varient encore, et les données ne suffisent pas à justifier un dépistage systématique.
Des études récentes suggèrent qu’un microbiote dominé par les lactobacilles, surtout lorsque L. crispatus est abondant, peut être associé à de meilleurs taux d’implantation et de grossesse clinique. La dysbiose, à l’inverse, apparaît plus souvent chez les patientes ayant des échecs d’implantation répétés ou une endométrite chronique.
Ces données ont toutefois leurs limites :
- les méthodes de test varient selon les études
- les définitions du microbiote « normal » et « anormal » ne sont pas encore pleinement standardisées
- une association ne prouve pas toujours une causalité
- un dépistage systématique pour toutes les patientes de FIV n’est pas encore soutenu par un consensus fort
Le microbiote reste donc une piste prometteuse — mais elle ne doit pas être présentée comme un raccourci ou une solution garantie.
Qui peut bénéficier d’une évaluation ?
Réponse courte : une évaluation du microbiote a davantage de sens chez les patientes ayant une vaginose bactérienne récidivante, des échecs d’implantation répétés, une infertilité inexpliquée ou une suspicion d’endométrite chronique — pas en dépistage systématique pour une première tentative de FIV sans particularité.
Un dépistage du microbiote mérite davantage d’être envisagé lorsqu’une patiente présente :
- une vaginose bactérienne récidivante ou des symptômes vaginaux persistants
- des échecs d’implantation répétés
- une infertilité inexpliquée malgré un bilan par ailleurs rassurant
- une suspicion d’endométrite chronique
- des fausses couches à répétition dans un contexte où une infection ou une inflammation est suspectée
Pour une première tentative de FIV sans particularité, un dépistage systématique du microbiote est moins clairement justifié.
Comment soutenir un microbiote vaginal dominé par les lactobacilles
Réponse courte : il n’existe pas de méthode standardisée pour « augmenter » de façon fiable un taux de lactobacilles, comme on corrige un taux de vitamine. L’approche la plus fondée sur les preuves reste d’éviter ce qui perturbe la flore vaginale, de traiter correctement toute infection diagnostiquée, et de discuter d’un usage ciblé des probiotiques — pas de se les prescrire soi-même.
Il n’est pas nécessaire de s’auto-prescrire des cures agressives de probiotiques ou d’antibiotiques pour « préparer » une FIV. Une approche plus sûre reste en général plus simple :
- éviter les douches vaginales, les solutions antiseptiques et les produits intravaginaux parfumés
- consulter en cas d’odeur, d’irritation, de pertes inhabituelles ou de vaginose bactérienne récidivante — plutôt que de démarrer un probiotique seule
- arrêter le tabac si applicable
- n’utiliser antibiotiques et antifongiques que lorsqu’un diagnostic le justifie
- discuter l’usage des probiotiques comme une stratégie ciblée et individualisée, pas comme une règle universelle
- ne pas appliquer de produits alimentaires comme le yaourt directement dans le vagin
La meilleure intervention dépend de la nature du problème : symptômes, infection récidivante, endométrite suspectée ou échecs répétés de FIV.
La place des probiotiques reste, en réalité, encore débattue. Les recommandations du CDC sur les IST concluent que, malgré plusieurs études sur les lactobacilles intravaginaux et d’autres formulations probiotiques pour la vaginose bactérienne, « aucune étude ne soutient ces produits comme traitement adjuvant ou de remplacement chez les femmes atteintes de vaginose bactérienne » (CDC, 2021).
Les probiotiques oraux semblent agir surtout en modifiant le microbiote intestinal plutôt qu’en colonisant directement le vagin ; dans un essai, ils n’ont pas amélioré à eux seuls les taux de guérison de la vaginose bactérienne, bien qu’ils aient été associés à une meilleure santé vaginale à long terme après une guérison déjà obtenue sous antibiotiques (Qi et al., 2023).
La question de savoir si les probiotiques oraux peuvent réellement faire évoluer un profil vaginal pauvre en lactobacilles vers un profil dominé par les lactobacilles, spécifiquement chez les patientes de FIV, fait l’objet d’un essai randomisé contrôlé par placebo actuellement en cours, dont les résultats n’ont pas encore été publiés (van Haren et al., 2025).
Note clinique
Le regard clinique du Dr Aksoy
« Le lactobacille fait partie des bactéries protectrices naturelles du vagin. Mais je demande à mes patientes de ne pas le voir comme un taux de vitamine — nous n’avons pas encore de traitement aussi simple et standardisé que « votre taux de lactobacilles est bas, donc on le remonte avec un probiotique ».
« En présence d’une vaginose bactérienne active, je n’utilise pas un probiotique à la place d’un antibiotique. Pour une perturbation récidivante de la flore, chez la bonne patiente, je peux discuter de produits spécifiques à base de lactobacilles comme option de soutien — en précisant clairement que les preuves restent limitées.
Un probiotique peut être utilisé, mais je ne peux pas promettre qu’il corrigera la flore de façon fiable ou qu’il augmentera les chances de grossesse.
Il ne suffit d’ailleurs pas qu’une étiquette indique simplement « lactobacillus » — la souche, la dose et la voie d’administration diffèrent selon les produits.
« Mon conseil pratique reste plus simple : éviter les douches vaginales, les solutions antiseptiques et les produits génitaux parfumés ; éviter les antibiotiques et antifongiques inutiles ; et, en cas de symptômes, se faire évaluer d’abord pour une vaginose bactérienne, une candidose ou une infection sexuellement transmissible, plutôt que de démarrer un probiotique seule.
Je ne recommande, dans aucune circonstance, d’appliquer des aliments comme le yaourt directement dans le vagin.
« Pour la question « faut-il aussi des lactobacilles dans l’utérus ? », j’explique les choses ainsi : le vagin et l’utérus ne sont pas le même écosystème.
La dominance en lactobacilles est généralement considérée comme protectrice dans le vagin. L’intérieur de l’utérus est un environnement différent, avec beaucoup moins de micro-organismes, et les échantillons endométriaux sont facilement contaminés par des bactéries vaginales ou cervicales lors du prélèvement.
On ne peut pas simplement transposer ce que l’on sait du vagin à l’utérus.
Un faible pourcentage de lactobacilles sur un prélèvement endométrial ne prouve pas, à lui seul, que l’utérus est malsain ou impropre au transfert — quelles bactéries y vivent réellement, quels seuils compter comme normaux, et si modifier cet environnement augmente vraiment le taux de naissance vivante ne sont pas encore établis.
« Ce qui me pose problème, c’est la pratique consistant à faire un test de microbiote coûteux, à dire à une patiente « vous n’avez pas de bonnes bactéries dans l’utérus, c’est pour ça que l’embryon ne s’est pas implanté », puis à vendre un pack antibiotique-probiotique comme solution définitive. Cela transforme une association encore au stade de la recherche en une cause démontrée.
« Mon résumé pour les patientes est celui-ci : s’il existe un vrai problème clinique de flore vaginale, on le traite. Mais atteindre un pourcentage précis de lactobacilles dans l’utérus n’est pas, aujourd’hui, un objectif standard que je retiens en FIV. Je traite une pathologie prouvée et la patiente qui est devant moi — pas un résultat de test. »
Demander une revue de dossier
Si vous avez une vaginose bactérienne récidivante, des échecs d’implantation répétés, ou si vous vous demandez si un résultat de microbiote vaginal ou endométrial est pertinent dans votre cas, une revue structurée de votre historique et de vos résultats d’examens antérieurs est un meilleur point de départ qu’un simple panel de microbiote isolé.
Vous pouvez demander une revue de dossier confidentielle pour faire évaluer votre dossier avant de décider des prochaines étapes.
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FAQ
Faut-il tester le microbiote vaginal chez toutes les patientes de FIV ?
Non. Un dépistage systématique pour toutes les patientes n’est pas actuellement soutenu par des preuves suffisamment solides. Il est plus pertinent dans des situations cliniques précises.
Lactobacillus crispatus est-il toujours un « bon » signe ?
Il est généralement considéré comme favorable, car associé à un environnement vaginal plus stable et acide. Mais un résultat de microbiote isolé doit toujours être interprété avec les symptômes et l’historique de fertilité.
Les probiotiques peuvent-ils améliorer le succès de la FIV ?
Possiblement, dans certains cas sélectionnés, mais ils ne constituent pas un traitement de fertilité garanti. Les probiotiques ne doivent pas remplacer un diagnostic et un traitement ciblé lorsqu’une infection ou une inflammation est suspectée.
Quel est le lien entre dysbiose et endométrite chronique ?
Une dysbiose persistante peut contribuer à un environnement inflammatoire et est parfois associée à une endométrite chronique, surtout chez les patientes ayant des échecs d’implantation répétés ou une infertilité inexpliquée.
Faut-il des antibiotiques avant chaque transfert d’embryon ?
Non. Les antibiotiques doivent être utilisés lorsqu’il existe une preuve d’infection ou une autre indication spécifique. Un usage systématique et non ciblé n’est pas une bonne stratégie.
Sources
- Moreno I, Simon C. Deciphering the effect of reproductive tract microbiota on human reproduction.
- McQueen DB, Bernardi LA, Stephenson MD. Chronic endometritis in women with recurrent pregnancy loss and recurrent implantation failure.
- ASM Spectrum. Vaginal microbiome composition and IVF outcome associations.
- Méta-analyse sur le microbiote vaginal dominé par les lactobacilles et les résultats reproductifs. Article PMC.
- Reschini M, et al. Endometrial microbiome: sampling, assessment, and possible impact on embryo implantation. Sci Rep 2022;12:8467.
- Hashimoto T, Kyono K. Does dysbiotic endometrium affect blastocyst implantation in IVF patients? J Assist Reprod Genet 2019;36(12):2471-2479.
- ESHRE Working Group on Recurrent Implantation Failure. ESHRE good practice recommendations on recurrent implantation failure. Hum Reprod Open 2023.
- CDC. Bacterial Vaginosis — STI Treatment Guidelines. Division of STD Prevention, 2021.
- Qi F, et al. Orally administered probiotics can restore the vaginal health of patients recovering from bacterial vaginosis. Front Immunol 2023;14:1125239.
- van Haren A, et al. ProVag: the effect of oral probiotics on the vaginal microbiota composition in women receiving medically assisted reproduction. BMJ Open 2025;15(7):e096959.
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